株式会社設立の欠点
株主と取締役のお互いの利益を考える必要があります
役員報酬を高くすれば会社の利益は減少し、株主に回る配当金は減りますね。もっとも、一人会社の場合はそんなことを考える必要はありませんが。ただし、300万の純資産額が無ければ剰余金があつても配当は出来ない、という配当制限は有ります。

会社法に様々な強制規定が有ります
後述する合同会社に比べると株主や取締役の取り決め等について法律上の決まりが多いです。
会社の業務指針を決める際にも、取締役会や株主総会などを経る必要があります。
でも、きちんと決まりがあるからこそ、株式会社の信用が高く保たれ、資金の調達も比較的容易にできるのです。自由には負債…ということでしょうか。

設立費用が高い
登録免許税が15万円。定款認証費用約5万円も必要。
あとこれに代行費用が加算されます。ただし、登記簿謄本は会社の身分証明書ですから、費用をかけることによって個人事業とは違った信用を得ることができると考えればあながち高額とも言えませんね。登記することは会社の所在地・事業目的・代表者等役員の氏名及び住所・設立年月日などを世間に公表することです。会社を閉じるときも(解散・清算と言います。)登記の手続きを踏まねばなりません。個人事業なら、いつの間にか始めていつのまにか店じまいする事も可能です。それだけでも、信用度に大きな差が出てくると思いませんか?
